Зарождение обители
«Князец татарскаго племени Тоян в 1604 году отправился в Москву и в Благовещеньев день подал царю Борису Годунову челобитье о покорности. Царь принял прошение и послал казачьяго голову Гаврилу Писемского с сыном боярским Тырновым строить в кочевьях Еуштинских татар городок. В двух лошадиных  перегонах или в 60-ти верстах от впадения в Обь реки Томи, на правом высоком берегу и на самом значительном его возвышении царские посланные срубили городок и огородили то место вне стен, которое отвели под слободу. Постройкой торопились и сладили ее к концу того же года. На другой год появился и монастырь въ 9 верстах отъ городка и на томъ же берегу, при устье реки Киргизки, и назван был народом Усть-Киргизским или еще Богородицким…»
Так начиналась непростая многовековая история томского мужского Богородице-Алексиевского монастыря, одного из старейших в Сибири.
В первый же год обитель настигло испытание – только что отстроенные монастырские строения и церковь были разрушены льдами во время весеннего ледохода, после чего монастырь был перенесен на версту вверх по Большой Киргизке на возвышенное и защищенное от наводнений  место. Однако это не спасло его от другой напасти. В те времена  Сибирь представляла собой  край дикий и пустынный, заселенный непокорными  туземцами, как называли раньше коренных обитателей завоеванных земель. Но особенно страшны для русских служилых людей и монахов были набеги кочевых киргизов и татар. На удалении от Томской крепости положение монастыря было еще более опасным, несмотря на то, что он был хорошо укреплен и окружен оборонительными рвами и насыпью.
Пространные списки убитых защитников, а иногда и женщин, и детей заполняли монастырскую хронику:
«В 7122  (1614) году июля в 14 день побили под Томском служилых людей киргизские люди и тем побитым имена. Помяни Господи раб своих (40 мужских имен)…
В 7138 (1630)  году ноября в 15 день приходили под Томской калмыцкие люди и побили Томских служилых  людей и тем  служилым людем имена (19 муж. имен)…»
Набеги эти проводились неоднократно, по свидетельству историков, до 6 раз.
Усугубил положение обители и пожар 1656 года, уничтоживший новоустроенный храм. Очередное строительство остановилось из-за отсутствия средств. Наконец, монастырь решено было перевести в Томск.
К сожалению, имен основателей Усть-Киргизского монастыря не сохранилось. Известно лишь, что в 1648 году насельниками монастыря были «черноризец Варлаам с братией», да то, что в 1653 году монастырем управлял игумен Ефрем (Березовский). Именно он и задумал перевести монастырь в Томский острог.