Старый монастырь на новом месте

Старец Ефрем, бывший в то время строителем монастыря, принял решение о перенесении монастыря в город с совета воеводы и граждан Томска «…по их согласному выбору места» И поставили монастырь сызнова на Юрточной горе, самой возвышенной во всей окрестности. В 1663 г. постройку монастыря на новом месте завершил новый настоятель – схиигумен Исаия. Обитель располагалась рядом с церковью во имя Алексея Человека Божия, к тому времени  более 30 лет стоявшей на юрточной горе.  После объединения обители с  Алексеевской церковью, Усть-Киргизский Богородицкий монастырь стал именоваться Богородице-Алексиевским. Новый монастырь представлял собой крепость и стал частью оборонительных сооружений Томска. За несколько лет обитель выдержала множество осад «со стороны калмацкого (калмыцкого) прихода», самая значительная из которых была в 1668 году. 

Место первоначального устроения монастыря на реке Киргизке было отмечено старцем Исаией большим памятным крестом. Надпись на нем гласила: «Лета 7170 (1662) года устроен бысть си животворящий крест Господень, на нем же воображено распятие Господа нашего Иисуса Христа при державе благовернаго и благочестиваго Государя царя и Великаго князя Алексия Михайловича всея Великия и Малыя и Белыя России Самодержца по вере и обещанию Томского города монастыря Богородицы Казанския: строителя Исиии, яже о Христе с братиею. Писан в Кузнецком остроге».

В 1662 году в монастыре был возведен первый (всего за историю обители их было 4) деревянный трехпрестольный храм в честь Казанской иконы Божией Матери с северным приделом во имя свв. Мчч. Флора и Лавра и южным во имя Алексия человека Божия.

В начале 60-х гг. 17 века строитель монастыря старец Исаия подал царю Алексею Михайловичу челобитную, в которой просил пожаловать обитель деньгами и ежегодной ругой. Царь повелел выдавать служителям монастыря жалование годового руга, а также прислал из царской ризницы богослужебные книги, иконы, колокола, облачения и всю необходимую церковную утварь. Так начался новый томский период жизни святой обители.