Развитие монастырского хозяйства

Постепенно, за счет вкладов и пожертвований в собственность монастыря переходят значительные земельные угодья. Однако первый и  самый большой участок монастырских владений, находящихся за пределами Томска, был пожертвован обители Великим Государем в 1656 году. «Покосов, лесу и сенных полей  в нем было на двадцать верст по обе стороны реки Томи вдоль и поперек».

Владел монастырь и рыбными промыслами. К началу 18 века Томский Алексеевский монастырь насчитывал за собой четыре рыбных тони. Все они с точным обозначением их местоположения были переписаны в Томских писцовых книгах за 1703 год. Именно здесь было записано, что «по сказке Алексеевского монастыря иеродиакона Моисея, (первая) их монастырская тоня на р. Оби ниже Томскаго устья на острове Каралихе. И на той их тони ходит монастырский невод в 200 сажен».

Таким образом, владея рыбными промыслами, монастырь не только обеспечивал рыбой всю братию, но и продавал ее в большом количестве. Доходы от продажи рыбы, особенно в сезон осеннего лова едва ли не равнялись доходам от продажи хлеба со всех монастырских наделов. Поэтому воеводским начальством Богородице-Алексиевский монастырь ценился как настоящий рыбопромышленник. 

Увеличение монастырских угодий требовало множества рабочих рук. Собирание крестьян на приобретенные угодья было для монастыря таким же важным делом, как и собирание самих имений. Известно, что после завоевания Сибири на ее свободные земли шли люди из добровольных переселенцев – «бездомовные», рассчитывая найти здесь лучшую долю. К ним и обращался монастырь с призывом селиться на своих вотчинах.

Постепенно набирая крестьян, монастырь рассылал их для заселения своих земельных наделов в Верхотомском стане, около Иштанской протоки и на р. Шегарке. Активным заселением пустых земель монастырь оказал Томску важную услугу тем, что в Верхотурском стане положил начало освоению земель, через которые к Томску нередко пробирались враждебные киргизы и калмыки. Уже в 1760-х годах на монастырских наделах жило более 400 «мужских ревизских душ».

На момент своего создания в 1605 году монастырь, как и вся Сибирь, входил в состав Вологодской епархии. В 1620 г. с назначением в Тобольск первого сибирского архиепископа Киприана (Старорусенкова) монастырь входит в состав Сибирской и Тобольской архиепископии вплоть до открытия в 1834 году самостоятельной  Томской епархии.

В 1681 году произошло событие, определившее дальнейшую судьбу монастыря. В составе трех старейших монастырей Сибири он был принят под  личное покровительство царя Феодора Алексеевича.

В 1668 году после смерти Исаии-строителя, настоятелем монастыря был избран старец Варлаам. А к концу 80-х годов 17 века значение томской обители рачением ее настоятеля возросло настолько, что игумен Варлаам был возведен в сан архимандрита. Он управлял монастырем в течение 30 лет.