Духовное устроение обители

В течение 17-19 столетий к Алексиевской обители были приписаны несколько монастырей – Иоаннорождественский Усть-Пачинский, Троицкий Туруханский, Христорождественский Кузнецкий. А с 1807 года Богородице-Алексиевский монастырь, как обитель губернского города, стал опять управляться архимандритом.

В начале 18 века одной из главных проблем сибирских монастырей было духовное и нравственное состояние монастырской братии. Нередко в Сибирь ссылались неугодные или провинившиеся – «штрафованные» монахи, еще более частыми были случаи «отсылки в монастырское жительство» вдовых приходских священнослужителей. Всех их насильно определяли на жительство в какую-нибудь обитель, и от них трудно было ожидать исправной высоко-духовной жизни. Исключением не стал и Томский Богородице-Алексиевский монастырь, в который некоторые из братии тоже попадали поневоле или за провинности.

Монастырские летописи отмечают «неослабное усердие настоятелей о поддержании среди монашествующих добродетели трудолюбия». Своими «благими труды» братия участвовала в постройке монастырского храма, ездила «по хлеб» в монастырские деревни, назирала за мельницами. Не говоря уже о «многих трудах» в многочисленных монастырских вотчинах. Нередко монахи совершали нелегкие походы «со свещою и иконою» по окрестным деревням с целью сбора средств для обители. Часто иеромонахи Алексиевского монастыря отправляли богослужения в приходских церквях г. Томска, где не всегда хватало белого духовенства. Такие труды, а так же неослабевающее внимание настоятелей, общая трапеза и равное для всех членов братии монастырское содержание принесли свои плоды. 

В то время общее стремление братии к претворению на собственном опыте идеалов монашеской жизни выразилось в многочисленных пострижениях в схиму. По синодику, монахов-схимников, умерших во второй половине 17 в. и самом начале 18 в. насчитывалось гораздо более сотни лиц. Это был воистину расцвет духовного состояния томского Богородице-Алексиевскоого монастыря.