Гости и узники монастыря
Интересна роль, которую сыграл томский  монастырь в жизни тех или иных исторических личностей России.
В течение многих лет с 1881 по 1912 год в монастыре совершал архиерейские богослужения известный миссионер, апостол Алтая, архиепископ Томский и Алтайский Макарий (Невский), ныне прославленный в лике святых.
В разные годы монастырь посещали такие духовные светочи, как святой равноапостольный Иннокентий митрополит Московский и Коломенский, апостол Сибири и Америки; старцы Зосима (Верховский) и Василиск (Гаврилов), основатель Богородице-Алексиевской пустыни под г. Кузнецком, являвшийся  духовным отцом  святого праведного Петра Томского.
С 1847 по 1854 год в монастыре жил и работал известный духовный писатель, постриженик святой Афонской горы инок Парфений (Агеев). Именно здесь, в Томске, им было написано знаменитое сочинение «Сказание о странствии и путешествии по России, Молдавии, Турции и Святой Земле». 
Впрочем, некоторые исторические фигуры приезжали сюда не по своей воле. В те далекие времена монастыри нередко использовались для заточения  лиц неугодных или провинившихся, исключением не стала и Богородице-Алексиевская обитель. Так, с декабря 1729 по январь 1730 г. здесь под стражей содержался крестник Императора Петра I, прадед А. С. Пушкина Абрам Петрович Ганнибал. А в конце 1740 года в близлежащем от Богородице-Алексиевского женском  Христорождественском монастыре старший иеромонах Алексиевского монастыря Моисей (Булатов) совершил монашеский  постриг княгини Екатерины Алексеевны Долгоруковой – бывшей невесты Императора Петра II и нареченной императрицы.
После кончины святого праведного старца Феодора необычайной особенностью монастыря, находящегося в сибирской глубинке, стали визиты августейших особ. В разное время обитель и саму могилу старца Феодора, расположенную в монастырской ограде, посещали различные представители дома Романовых. Первым был визит Великого князя Владимира Александровича в 1868 году. В 1873 году сюда приезжал  Великий князь Алексей Александрович. Наследник престола Цесаревич Николай Александрович, в будущем император Николай II, приехал в Томск в 1891 году, совершая кругосветное путешествие. Он посетил обитель и поклонился могиле святого старца.
Уже в наше время, в 1993 году для поклонения мощам св. праведного Феодора приезжали потомки дома Романовых –  княгиня Мария Владимировна, княгиня Леонида Георгиевна и князь Георгий Михайлович.