Закрытие монастыря
В 20 веке Томский Богородице-Алексиевский монастырь разделил судьбу многих обителей России. Летом 1923 года монастырь был закрыт. В то время общее число насельников монастыря достигало 50 человек, не считая живших в нем на покое вдовых священников. Вскоре после закрытия, а именно в июле месяце у часовни св. Феодора Томского и на восточной стене монастыря произошло около 10 (!) бесплотных явлений святого. Причем свидетелями явлений старца Феодора были многие жители Томска. Узнав о чуде, они спешили к стенам монастыря, чтобы увидеть святого своими глазами. Паломничество томичей было настолько многолюдным, что по приказу властей монастырь был оцеплен войсками.
Братия монастыря перешла на монастырскую заимку в «Архимандритке». Здесь, на древнем  месте расположения обители при устье р. Киргизки, находился загородный дом архимандритов, чуть выше по течению реки стояла деревянная церковь во имя Покрова Пресвятой Богородицы, построенная в 19 веке. Вплоть до 1926 г. здесь подвизалось 26 насельников монастыря, своим трудом добывая пропитание.
В середине 20-х годов началось полное уничтожение монастыря. В 1925-26 гг. монахи, уже обреченные на смерть, проживали в братском корпусе. Им было запрещено выходить из келий под страхом смерти.
Судьба всех насельников монастыря неизвестна, однако наибольшая часть братии во главе со своим настоятелем – викарным епископом Гавриилом была схвачена и расстреляна на горе Каштак.
Со временем территория монастыря была передана в ведение Педагогического училища №2 и застроена новыми домами, несмотря на то, что в 1923 г. монастырь был взят на учет музейным отделом Главнауки как памятник старины, имеющий государственное значение. Было предано забвению и старинное, богатое каменной пластикой, монастырское кладбище, где были похоронены многие известные люди Томского края. Колокольня монастырского храма и часовня над могилой старца Феодора разобрали на кирпичи для сооружения светских зданий.
Во время Великой Отечественной войны в монастыре размещались мастерские по пошиву военного обмундирования и школа санитарных инструкторов.
В начале 60-х годов монастырь лишается своего последнего украшения – были разобраны угловые башни и святые врата обители.
В 80-х годах минувшего столетия была предпринята попытка восстановить монастырский комплекс в качестве музея, ограничившаяся лишь частичной реставрацией храма обители.
В 1991 году территорию обители посетил Святейший Патриарх  Алексий II. И уже на следующий год по его благословению в день св. апостолов Петра и Павла епископ Новосибирский и Бердский Тихон совершил торжественное открытие Томского Богородице-Алексиевского монастыря.
Впрочем, с этого момента начинается новая история – история возрождения древнейшей обители Сибирского края.