Благодатные дарования
Святому старцу Феодору был дан от Бога дар прозорливости, который всегда сопутствует служению старческого попечения о ближних. Приведем лишь некоторые из многочисленных примеров прозорливости праведного старца. 
Однажды к праведному Феодору приезжал купец Нацвалов. Когда он вошел в келию старца, тот внезапно обратился к нему с вопросом: "Зачем ты взял медные деньги? Они положены не для тебя." Незадолго перед этим Нацвалов действительно поднял где-то несколько оброненных неизвестно кем медных монет.
В другой раз старец говорил Нацвалову: "Зачем ты читаешь без внимания и чувства "приидите поклонимся"? Ты знаешь, какая это молитва, с каким вниманием ее следует читать!?"
Иногда, встречая приезжавших к нему посетителей, старец сразу называл их по именам: "Здравствуй, отец Израиль!", или: "Здравствуй, отец Иоанн!" — хотя никогда прежде не был с ними знаком и не мог быть извещен об их приезде.
Когда старец жил на Красной Речке, однажды его посетил купец Хромов и его супруга. Перед отъездом Хромов велел жене взять старцу на рубашку хорошего тонкого холста. Но она подумала: "Зачем старцу хороший холст?" И взяла похуже. Когда приехали к старцу, и она стала отдавать ему холст, то он обратился к ней со словами: "Ведь тебе было велено привезти тонкий холст, нужно было исполнить. Но, — добавил затем старец Феодор, — для меня, бродяги, и этот очень тонок."
Другой случай произошел, когда старец жил в селе Белоярском. Феодор Козьмич очень любил свежий мед. И вот, однажды, казак Семен Николаевич Сидоров, у которого старец тогда жил, желая угодить старцу, велел своему брату Матвею Николаевичу купить в Ачинске для старца лучшего меда. Матвей Николаевич очень неохотно исполнил это поручение брата и в душе пожалел денег на мед. Когда мед был принесен к Феодору Козьмичу, то последний высказал все, что думал Матвей Николаевич Сидоров и отказался от меда.
Этот случай особенно ярко показывает, что при тех или иных внешних проявлениях нашего почитания святых, главным является то внутреннее устроение, с которым мы приступаем к угодникам Божиим или Самому Богу. И ответ на наши прошения зависит не столько от степени внешнего усердия, сколько от меры искренности наших намерений и нашей веры.
Важно отметить, что истинный дар прозорливости (или пророческое служение) всегда имеет своим смыслом нравственное исправление ближних, указание им на те их греховные язвы, которые они либо не видят в себе, либо стыдятся открыть на исповеди. 
Во время пребывания старца в Зерцалах, здесь поселился какой-то бродяга, сосланный на житье. Он пришел однажды к святому Феодору, желая познакомиться с ним. Но старец, у которого в это время было несколько зерцаловских крестьян, беседовавших с ним на духовные темы, как только вошел этот ссыльный, встал и сказал: "Иди, иди отсюда!" Ссыльный изумился, изумились и бывшие в келии Феодора Козьмича крестьяне, не понимая, почему он гонит этого человека, тогда как вообще никому не отказывал в приеме. Но старец тотчас же сказал: "Уходи, уходи... У тебя руки в крови. Свой грех другому отдал..." Ссыльный побледнел как полотно и торопливо вышел из избы, а потом, через несколько дней, ушел в Томск, где принес повинную начальству, что он не тот, за которого себя выдавал, что он промышлял разбоем и должен был идти на каторгу, но поменялся именем с одним из сосланных на поселение за бродяжничество, что на его совести до десяти убийств.
Однажды, когда старец жил уже в Томске, во время праздника Рождества Христова, архиерейский хор пожелал прославить у Феодора Козьмича, на что старец охотно согласился. Один из певчих, Иван Васильевич Ефимов (в последствии протодиакон Московского Успенского собора), в это время имел какое-то недоумение о древе Животворящего Креста Господня и надеялся, что старец разъяснит при случае это недоумение.
Когда певчие пропели концерт, старец со слезами на глазах благодарил их и поклонился им до земли, а затем стал давать им наставления, что значит быть певчим; певчие, по его словам, принимают вид ангелов, прославляющих Господа, а И.В.Ефимову разъяснил, что значит древо Животворящего Креста Господня, но сказал об этом не по просьбе Ефимова, а по дару прозорливости.

За свою святую жизнь старец Феодор сподобился приять от Бога для пользы ближних еще один дар — дар исцелений. Причем, врачуя телесные немощи, святой, как правило, указывал человеку на их истинный нравственный корень — грех.
Когда старец жил еще в селе Белоярском, местный священник, не видя его у себя на исповеди, первое время относился к нему очень недружелюбно, предостерегая крестьян и советуя им держаться подальше от Феодора Козьмича, который, по мнению священника, был раскольником. Однажды, выведенный из терпения непонятным для него поведением старца, священник назвал его при всем народе безбожником. В тот же день священник этот почувствовал себя очень плохо и к вечеру слег в постель. Приглашенный из Ачинска врач признал его положение безнадежным. Тогда, по совету односельчан, семейство священника обратилось к Феодору Козьмичу и усердно со слезами, стало просить его простить умирающего и помолиться о нем. Старец, посетив больного, сделал ему строгое внушение, как нужно относиться к людям, которые никому не делают никакого зла, и как осторожно должно делать заключения и произносить над людьми приговор, а затем сказал, что больной скоро поправится. Через некоторое время священнику действительно стало лучше и он сделался искренним почитателем святого Феодора.
Глубоко чтивший старца купец Семен Феофанович Хромов, у которого праведный старец жил последние шесть лет в Томске, был исцелен по молитвам святого от болезни глаз и до самой старости мог читать без очков.
Блаженная старица Домна Карповна уже после кончины праведного Феодора рассказывала о старце Хромову: "Я знаю, что он святой! Когда он жил в келии вашего сада, я была очень больна; пришедши в ваш сад, осталась на ночь в саду для того, чтобы пойти к старцу и получить от него исцеление. Стала стучать в дверь, старец отворил, и как только я вступила на порог, он исцелил меня совершенно от болезни. Святой был старичок!"
Даже ржаные сухари, высушенные старцем у себя в келье, принимались людьми как благословение и помогали в недугах. По свидетельству С. Ф. Хромова, он от сухариков подвижника исцелился от холеры, которой заразился в 1860 году на Нижегородской ярмарке.
Многих, посещавших его, праведный старец своими проникновенными, исполненными духовной силы беседами направлял на путь исправления греховной жизни, других вразумлял не привязываться к земным вещам, третьих исполнял решимости к совершенному отречению от мира. Благочестивый священник города Томска отец Феодор Краснопевцев, служивший в Богоявленской церкви и бывший законоучителем Томской губернской гимназии, пришел к Феодору Козьмичу побеседовать. Беседа продолжалась довольно долго. На прощанье старец дает отцу Феодору яблоко и велит съесть. Священник отказывается взять яблоко, говоря: "Яблоком Ева соблазнила Адама." Старец на это сказал: "Я даю тебе не то яблоко, а благолепное, о котором говорится в акафисте Божией Матери". Отец Феодор взял яблоко и съел дома. Вскоре после этого он оставил приход и стал юродствовать Христа ради. Жил в своем доме совершенно один, не имея обычной по тем временам прислуги. Уходя из дома, двери никогда не запирал, но Бог хранил его скудное имущество. Отец Феодор стал вести самую строгую жизнь, все время проводя в посте и молитве. Каждый день, летом и зимой, несмотря ни на какую погоду он неопустительно ходил к утрене и литургии, потом шел в Иверскую часовню, где служил молебен с акафистом Пресвятой Богородице сначала для себя, а потом для приходящих богомольцев. Возвратившись не надолго домой, снова шел в храм к вечерне. Праведность отца Феодора была засвидетельствована Самим Богом, ниспославшим своему угоднику дар прозорливости.
Своей праведной жизнью и благодатным попечением о ближних святой старец Феодор Козьмич, по апостольскому слову, являлся "Христовым благоуханием Богу в спасаемых и в погибающих".(2 Кор. 2: 15). Внешним знамением этого был постоянно ощущаемый в келии старца необыкновенный благовонный запах, между тем, как было хорошо известно, что старец Феодор не имел у себя никаких ароматических веществ.
Неоднократно также в келии старца по ночам замечался какой-то свет, тогда как старец никогда не зажигал у себя ни свечей, ни лампады.