Посмертные чудеса
После смерти старца его могила и келия, в которой он жил сделались местом паломничества множества людей из самых разных слоев общества
Известно, что в 1891 году во время своего пребывания в Томске могилу старца неофициально посещал будущий император, а тогда цесаревич, святой страстотерпец Николай Александрович. Ранее, в 1873г могилу и келию Великого старца посетил великий князь Алексей Александрович. Среди прочих посетителей – военный министр А.Н.Куропаткин, министр путей сообщения князь М.И.Хилков, статс-секретарь Куломзин, главнокомандующий русской армией на Дальнем Востоке генерал Линевич. 
Неоднократно могилу старца посещал глубоко чтивший праведника член Государственного Совета М.Н.Галкин-Врасский. Он лично прилагал усилия к украшению места его погребения, и явился инициатором проведения регулярных панихид по Феодору Козьмичу. С именем Галкина-Врасского связан и случай избавления от неминуемой смерти заступничеством святого Феодора.
Однажды Галкин-Врасский, возвращаясь из Восточной Сибири, куда он ездил по служебным делам, приехал в Томск и поведал здесь следующее: "Молитвами старца Феодора Козьмича я остался жив. Из Восточной Сибири я намеревался ехать морем и уже отправил все свои вещи на пароходе, но потом передумал и захотел побывать еще в Томске и поклониться на могиле старцу Феодору, поэтому и возвращался в Петербург сухим путем... И что же случилось?.. Пароход на котором я должен был ехать утонул, утонули и все мои вещи, на нем находившиеся. Значит и я подвергся бы такой же участи, если бы не пожелал побывать в Томске и поклониться на могиле старцу Феодору Козьмичу.
Другой случай благодатной помощи святого праведного Феодора произошел с крупнейшим исследователем истории царствования Александра I Н.К.Шильдером. "Я страдал долгое время ужасными головными болями, — часто рассказывал Щильдер своим слушателям, — никакие средства не помогали. Однажды вечером я работал над историей Александра. Наконец, от усталости и головных болей я не мог продолжать и решил пройтись. Погода была отчаянная: дождь, слякоть, но меня что-то тянуло непременно пойти. Пошел я к одному знакомому букинисту. Просматривал разные разности. Вдруг он говорит мне: "Не хотите ли купить вот эту рукопись?" Смотрю и едва верю глазам. Это было рукописное "Жизнеописание великого старца Феодора Козьмича", составленное купцом Хромовым, у которого жил старец. Я эту рукопись давно искал, но все не мог найти. Я ее, конечно, тот час же купил, вернулся домой и читал ее до глубокой ночи, несмотря на ужасную головную боль. "Неужели это правда," — все думалось мне. С мыслями о Феодоре Козьмиче я лег в постель, и последняя мимолетная мысль моя была: "Если это правда, так вылечи меня от головных болей". Я заснул и вижу во сне, но так ясно, как наяву, что в комнату входит Феодор Козьмич с большою белою бородою, совсем так, как снят на фотографии, но в шубе и меховой шапке. Он подошел к кровати, на которой я лежал, и протянул руку над моею головою. В это мгновение я проснулся в страшном испуге, отыскивая глазами Феодора Козьмича, до того ясно видел его перед собою. Несмотря на ужасное потрясение, я снова заснул и когда проснулся утром, то к великому моему удивлению заметил, что головная боль прошла совершенно. В этот день я чувствовал такое блаженное состояние, которого не испытывал во всю свою жизнь. Это блаженное состояние, конечно, прошло на другой день, но головные боли уже не возвращались более никогда. Интересно еще то, что когда мне прислали из Томска по моей просьбе фотографии со всех предметов, оставшихся после Феодора Козьмича, то я увидел среди них меховую шапку, сразу напомнившую мне шапку, в которой я видел Феодора Козьмича во сне."
В Томске совершились многочисленные исцеления больных, которые посещали могилу старца и обращались к святому Феодору с теплой молитвою. 
Об одном из таких случаев стало известно настоятелю Томского Богородице-Алексиевского монастыря в предреволюционные годы епископу Мелетию от некоего Ивана Кирилловича Карлова, который в своем письме владыке сообщал: "В1910 году 25 июля приехал я из Москвы в Томск на службу в Торговый Дом Голованова. 1 сентября того же года я заболел воспалением слепой кишки, меня лечил доктор Либеров; лечение, мое шло медленно, то улучшаясь, то ухудшаясь, наконец доктор предложил мне сделать операцию и удалить отросток слепой кишки, я согласился, и он дал мне записку к доктору Зимину, который, осмотрев меня и найдя слабым, велел прийти к нему через неделю, обещаясь поместить меня в клинику. Приехав домой от доктора, я стал приготовляться к операции: начал ходить в мужской монастырь, говеть. 1 октября я исповедался, а 2-го приобщился Святых Таин. В ночь на третье число увидел следующий сон: будто бы я прихожу в монастырь и вижу — много народа стоит перед иконой Нерукотворного образа Спасителя; впереди всех стоял старец Федор Кузьмич. Я подошел ближе, старца уже не было; тогда я спросил, где же этот старец, а мне говорят: "Он пошел но домам подавать то, что кто у него просил". Я и говорю: "А я пришел к нему попросить его, чтобы он за меня помолился, так как мне хотят делать операцию". Как только я это сказал, входит в храм сам старец и говорит мне: "Иди с Богом, здоровье тебе я уже дал, иди и молись", — и указал мне рукой своей на икону Нерукотворного образа Спасителя. Проснувшись утром, я почувствовал себя очень хорошо и легко, мне с каждым часом становилось лучше и лучше. В назначенный день для операции я отправился к доктору Зимину, который когда выслушал меня и осмотрел, спросил у меня: "Когда я нажимаю бока, вам больно? — я ему отвечаю: у меня никакой боли не чувствуется; доктор спрашивает: "Когда вы поднимаетесь вверх по лестнице, то вам больно?. Я ему говорю, что по какой угодно лестнице поднимусь, ибо никакой боли не чувствую. Доктор Зимин пожал плечами и сказал: "В таком случае я не нахожу нужным вам делать операцию, вы совершенно здоровы", — и отпустил меня домой. Я пришел домой, и мы радостные с женой возблагодарили Господа Бога за Его милость. В следующую ночь я вижу сон: подводят меня к иконам и говорят: "Это келья старца, а это, — указывая на икону Александра Невского, — икона его ангела, а эта икона его брата", — и указали икону Великомученика Пантелеимона, так как и ему, старцу, дано от Бога исцелять больных. Теперь я, благодаря Бога, совершенно здоров".
В 1926 году, перед расстрелом последних монахов Богородице-Алексиевского монастыря, здесь же заключенных, святой Феодор в продолжение некоторого времени стал являться в парящем полупрозрачном образе. Ясно видимый многочисленными свидетелями, в полночь он выходил сквозь стену часовни и по восточной стене монастыря медленно шел на юг до монашеского кладбища, где таял. Святой словно предупреждал заточенных иноков о необходимости готовиться к смерти.

Официальный сайт Русской Православной Церкви / Патриархия.ru